小麦种子、幼芽、幼苗、成株根系、茎叶和穗部均可受害，以根部受害最重。潮湿时病部均可产生黑灰色霉状物。播种后种子受害，幼芽鞘受害成祸色斑痕，严重时腐烂死亡。根部受害产生褐色或黑色病斑，植株茎基部出现色条斑，严重时茎折断枯死，或虽直立不倒，但提前枯死。枯死植株青灰色，白穗不实俗称“青死病”。拔起病株可见根毛和主根表皮脱落，根冠部变黑并粘附土粒。病斑初为校形小斑，后扩大成长圆形或不规则形斑块，边缘不规则，中央浅褐色至枯黄色，周围深绿色，有时有褪绿晕。病斑褐色，小长方形或圆形及不规则形，严重时病节以上部位枯死。穗部发病在颖壳基部形成水浸状斑，后变褐色，表面敷生黑色霉层，穗轴和小穗轴也常变褐腐烂，小穗不实或种子不饱满。在高温条件下，穗颈变褐腐烂，使全穗枯死或掉穗。麦芒发病后，产生局部褐色病斑，病斑部位以上的一段芒干枯。种子被侵染后，胚全部或局部变褐色，种子表面也可产生梭形或不规则形暗褐色病斑。
小麦根腐病易防难治，应以预防为主，发现病株后及时用药治疗。可以在发病初期，选用12.5％烯唑醇可湿性粉剂2500-3000倍液，或25％丙环唑乳油3000倍液，或50％甲基硫菌灵可湿性粉剂1000～1500倍液，隔10-15天再喷一次，可控制叶部病害发展，防病增产效果较好。此外，磷钾肥配合施用，可以改善土壤结构，促进小麦健壮生长，提高植株抗病能力。播前选用6％戊唑醇悬浮种衣剂50mL，或2.5％咯菌腈悬浮种衣剂20mL，或15％多·福悬浮种衣剂150mL拌种是预防该病的最有效措施。
主要以菌丝体潜伏在种子内和病残体中越夏、越冬，种子表面也可携带病原菌分生孢子，散落于土壤中的分生孢子也能休眠越冬或越夏。病原菌在种子中可存活多年。小麦播种后，种子和土壤中的病菌侵染幼芽和幼苗，造成芽腐和苗腐。越冬或越夏病残体新产生的分生孢子，上一季残留的分生孢子亦可随气流或雨滴飞溅传播，侵染麦株地上部位，产生叶斑和叶枯。在生长季节内发病部位产生分生孢子，借风雨传播，发生多次再侵染，病部逐渐上移，最后侵染穗部和种子。
